Selain sebagai tempat ibadah, menuntut ilmu dan berbagai kegiatan lainnya, Masjid Agung Al Azhar berfungsi sebagai wadah penyemaian dan perawatan ukhuwwah Islamiyah di antara para jama’ah khususnya dan umat Islam pada Umumnya. Semua jama’ah diikat dengan syarat tunduk hanya kepada Allah dan Rasul-Nya serta lepaskan semua baju kepentingan, organisasi maupun partai, maka Masjid Agung Al Azhar akan berfungsi sebagai wadah ukhuwwah / pemersatu umat.

Sesungguhnya yang memakmurkan masjid-masjid Allah itu adalah orang yang beriman pada Allah dan hari akhirat, menegakkan shalat, menunaikan zakat dan tidak takut kecuali hanya kepada Allah. Mereka pasti dari golongan orang-orang yang mendapat petunjuk Allah.(QS. At-Taubah: 18)